高通量数据分析
R语言关于两个数据集之间判断的常用函数有哪些
R语言关于两个数据集之间判断的常用函数有哪些? 答:交集intersect;并集union;找不同setdiff;判断相同setequal。
在使用plink进行GWAS分析时,有时候需要指定外部
在使用plink进行GWAS分析时,有时候需要指定外部表型文件,且外部文件会有表型缺失的情况,该如何处理? 答:首先在设计外部表型文件时,需要注意表型文件的格式,FID和IID两列要与
miRNA怎么查找序列?
miRNA怎么查找序列? 答:首先要获得一个标准命名的miRNA名称,比如hsa-miR-576,然后进入miRbase(http://www.mirbase.org/)数据库,输入之后点击GO,会进入miRNA详情界面;分别显示hsa-miR-576、hsa
miRNA的命名规则是什么?星号代表什么?
miRNA的命名规则是什么?星号代表什么? 答:①确定命名规则之前发现的miRNA(microRNA),则保留原来名字,如hsa-let-7。 ②miRNA(microRNA)成熟体简写成miR,再根据其物种名称,及被发现的先后
代谢组学实验样本量?
代谢组学实验样本量? 答:植物,微生物设计6-8个平行样品,模式动物设计10个左右平行样品,临床标本设计20-30例平行样品(所有样品当然越多越好)。
蛋白序列分析及三级结构预测网站有哪些 ?
蛋白序列分析及三级结构预测网站有哪些 ? 答:1. http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ 由伦敦大学学院计算机科学院运行维护的蛋白序列分析网站。2.https://www.swissmodel.expasy.org/ 完全自动化的蛋
蛋白三级结构绘制工具pymol?
蛋白三级结构绘制工具pymol? 答:https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page;1. 生物学中常用 2. 自行编译版免费,但由 Schrodinger 编译的收费 3. 结构渲染优秀,图片质量高 4. 结构编辑方面很弱
转录因子和小RNA的作用方式有什么区别?
转录因子和小RNA的作用方式有什么区别? 答:他们都是起到调控作用。 转录因子是一个转录前调控,决定了这个基因能否被转录;小RNA是一种转录后调控,他的转录已经翻译出来的,
转录因子怎么预测靶基因?
转录因子怎么预测靶基因? 答:转录因子结合到什么区域具有保守性的,如果已经知道转录因子结合的序列是什么特点,可以在基因上游2K区域找这段序列,如果可以找到,那么这段序
常见的转录因子数据库有哪些?
常见的转录因子数据库有哪些? 答:1. http://www.grnpedia.org/trrust/ 2. http://jaspar.genereg.net/ 3. http://gtrd.biouml.org/
差异代谢物的筛选除了logFC, P值以外,还有一个
差异代谢物的筛选除了logFC, P值以外,还有一个VIP值,什么是VIP值? 答:如果有OPLS-DA分析,会产生VIP值,vip值即空间投影重要性或者差异权重贡献值,表明每个物质对差异所起的贡献值
找到差异代谢物之后,如何验证这个代谢物的功
找到差异代谢物之后,如何验证这个代谢物的功能? 答:首先要进行定性定量验证,获得绝对定量信息。然后通过前期的代谢通路分析,我们知道这个差异代谢物属于哪条调控通路,那
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